На висоті Манітоба коливається від рівня моря в Гудзоновій затоці до 2727 футів (831 м) на вершині гори Болді. Шістдесят відсотків півночі провінції розташовані на Канадському щиті. Найпівнічніші регіони Манітоби лежать на вічній мерзлоті (постійно мерзлі надра) і ділянці тундри, що межує з Гудзоновою затокою.
Унікальний рельєф Манітоби змінюється від пагорбів і схилів (або уступів) у «горах» Райдинг, Дак і Черепаха до широких родючих південних рівнин у долині Ред-Рівер і нерівних багатих корисними копалинами докембрійських відслонень Канадського щита на сході та півночі.
Манітоба є місцем зустрічі кількох основних наземних екосистем – прерії, бореальний ліс і тундра. Водні екосистеми, включно з водно-болотними угіддями, річками й озерами, також є основними рисами ландшафту Манітоби.
Манітоба знаходиться далеко від пом'якшувального впливу гірських хребтів або великих водойм. Через загалом рівнинний ландшафт, вона піддається впливу холодних арктичних повітряних мас високого тиску з північного заходу протягом січня та лютого.
Вінніпег розташований у нижній частині долини Ред-Рівер, низинної заплави з надзвичайно рівнинний рельєф. Ця долина була утворена стародавнім льодовиковим озером Агасіс, яке має багаті поклади чорного ґрунту.
У бореальних лісах південної частини провінції поширені ліси з чорної та білої ялини.. Тундровий регіон північної Манітоби демонструє більш рідкі ліси чорної ялини, висота дерев яких обмежена тонким ґрунтом, підшарком вічної мерзлоти та загалом холодним кліматом.