Морган розпочав розведення білоокої мухи-мутанта і виявив, що в одному поколінні мух ця ознака була присутня лише у самців. Завдяки додатковому аналізу селекції Морган це виявив генетичний фактор, що контролює колір очей у мух, знаходився в тій же хромосомі, яка визначала стать.22 травня 2017 р
Це яскрава демонстрація успадкування, зчепленого зі статтю. Ген кольору очей знаходиться в Х-хромосомі (одна з хромосом, що визначають стать дрозофіли). Білий колір очей рецесивний. Коли червоноокий самець спаровується з білоокими самками, їхні дочки матимуть червоні очі, а сини – білі.
Зробивши це, він помітив а Співвідношення червоних очей і білих очей 3:1 у поколінні F2. Цей результат дуже подібний до результатів експериментів із розведення рецесивних ознак, як це було вперше показано Менделем.
У 1910 році дослідження Моргана показали, що червоний колір очей (XW) є домінуючим порівняно з білим кольором очей (Xw) і що ознаки, зчеплені з Х-хромосомою, успадковувалися по-різному у чоловіків і жінок через їхній хромосомний склад (XY у чоловіків і XX у жінок).
Морган виявив мутацію, яка вплинула на колір очей мухи. Він зауважив, що мутація успадковується самцями та самками мух по-різному. Грунтуючись на моделі успадкування, Морган зробив висновок, що ген кольору очей повинен бути локалізований на Х-хромосомі.
Морган припустив, що у своєму експерименті з розведення, перше покоління мух містило самців лише з білими очима, оскільки ген, що контролює колір очей, знаходився в Х-хромосомі. Самці демонстрували ознаку білих очей, оскільки ця ознака була присутня в їхній єдиній Х-хромосомі.