Є три різні кінцівки гри: одна, де ви програли гру за допомогою X, але не врятували Зеро, інша, де ви знову подолали гру за допомогою X, але врятували Зеро, а фінал — це коли ви подолали гру за допомогою Зеро.
Отже, як і X5, X має кілька закінчень залежно від того, чи є у вас нуль чи ні. Якщо у вас немає Зеро, Алія буде поруч із X, хоча Зеро все одно з’являється, його просто трохи непомітно. Він каже, що йому є чим зайнятися, що, ймовірно, призводить до його власного кінця.
Зрештою, Мисливці перемагають, перемігши Сигму та витягнувши тіло Гейта з-під уламків його лабораторії. Кошмар закінчився, і Мисливці обіцяють побудувати краще майбутнє. У фіналі Зеро Зеро вирішує, що його тіло надто небезпечне, і вирішує закритися на століття досліджень.
Якщо зосередитися на головних цілях, Mega Man X6 приблизно 5 годин в довжину. Якщо ви геймер, який прагне побачити всі аспекти гри, ви, швидше за все, витратите близько 7 годин, щоб отримати 100% завершення.
Як запланована остання частина серії, Mega Man X5 має функції три множинні закінчення на завершення історії – одна з яких навіть безпосередньо веде до подій Mega Man Legends, поєднуючи все Рокман воєдино.
Є три різні кінцівки гри: одна, де ви програли гру за допомогою X, але не врятували Зеро, інша, де ви знову подолали гру за допомогою X, але врятували Зеро, а фінал — це коли ви подолали гру за допомогою Зеро.