Анотація. Підхід молекулярної механіки площі поверхні Пуассона-Больцмана (MMPBSA) широко застосовувався як ефективний і надійний метод моделювання вільної енергії для моделювання молекулярного розпізнавання, наприклад для взаємодій зв’язування білок-ліганд.10 січня 2018
Тут спорідненість зв’язування оцінюється як різниця в енергії між комплексом білок-ліганд PL та ізольованим білком P і лігандом L, усереднена за всіма конфігураціями, відібраними з моделювання MD комплексу білок-ліганд (PL).
Молекулярна механіка, Загальна площа поверхні (MM/GBSA) є метод розрахунку вільної енергії зв'язування ліганд-білок.
Обчислювальна ефективність: MMGBSA, як правило, швидший і обчислювально дешевший. MMPBSA є більш обчислювально інтенсивним через складність вирішення рівняння PB.
Розділ 1: Побудуйте початкову структуру та запустіть моделювання, щоб отримати врівноважену систему. Розділ 2: Запустіть симуляцію виробництва та отримайте сукупність знімків. Розділ 3: Обчисліть вільну енергію зв’язку та проаналізуйте результати (тут підручник розгалужується між різними версіями MM/PBSA).
Пуассона– Больцмана або узагальнений континуум Борна та площі поверхні. методи сольватації (MM/PBSA та MM/GBSA). популярні підходи до. оцінити вільну енергію зв’язування малих лігандів з біологічними макро- молекули.